Van Gölü ve çevresinde M.Ö. III. ve II. bin yılları arasında Hurriler hüküm sürmüştür. M.Ö. II. binde Van bölgesi dahil olmak üzere yakın doğuda Hurri-Mittani krallığının II. bininin sonlarında yıkılması sonucunda, Van ve çevresinde feodal beylikler ortaya çıkmıştır. M.Ö. XIII. yüzyıldan itibaren bölgede görülen Nairi ve Urartu beylikleri M.Ö. IX. yüzyılda Asur baskılarına karşı birleşerek, merkezi Van (Tuşpa) olan Urartu devletini kurmuşlardır. M.Ö. IX yüzyıl, Urartu devletinin hem siyasal hem de kültürel açıdan geliştiği dönemdir. Bu dönemde Kral Sarduri’un oğlu İşpini döneminde Urartu dilinde yazılmış ilk yazıtlar ortaya çıkar. Kral Menua’yla birlikte Urartu devletinin yükseliş dönemi başlayarak, ülke en geniş sınırlarına ulaşır. Bu dönemde su yollar, kanallar, barajlar, kaleler ve tapınaklar yapılır. Yaklaşık 300 yıl bölgede önemli bir güç olarak varlığını sürdüren ve günümüze önemli kültür kalıntılarını bırakan Urartular, M.Ö. VII. yüzyılın sonlarında Medler ve İskitler tarafından tarihin sahnesinden silmişlerdir.
Urartu devletinin yıkılmasından sonra Van ve çevresi, Medler ve Perslerin egemenliğine girmiştir. M.Ö. 331’de Büyük İskender’in hâkimiyetinden sonra bölgeye sırasıyla Selevkidler, Roma, Part, Bizans ve Sasaniler’ın hâkimiyetine geçmiştir. İran’da Part Devleti yıkıldıktan sonra mirasına Sasani Krallığı sahip çıktı. Daha sonra bölge Romalılar ve Sasaniler arasındaki çekişmelere sahne oldu. Roma İmparatorluğu 395’te ikiye ayrılana kadar Van çoğunlukla Sasaniler’in hâkimiyetinde kaldı.
İslam orduları, ilk kez Hz. Ömer döneminde 640’ta İyaz Bin Ganem komutasında bölgeyi fethetti. Daha sonra Abbasiler döneminde yeniden fethedilen Van ve çevresi Ermeniye adıyla eyalet şeklinde, Ermeni Prensleri tarafından idare edildi. İç işlerinde tamamen serbest olan Ermeni Prensleri, dış işlerinde Abbasilere bağlı kalmışlardır. X. yüzyıl sonlarında Van’ın tekrar ele geçiren Bizans İmparatorluğu, Ermenileri kendi hâkimiyetleri altına almıştır. 1018’de başlayan Selçuklu akınları sonucu, Ermeniler bölgeyi 1025’ de Bizans yönetimine terk ederek, Sivas bölgesine yerleşmişlerdir.
XI. yüzyılın başlarından itibaren başlayan Türk akınları yüzünden bölgedeki Bizans hâkimiyeti sarsılmış, Ermeni ve Müslüman halk, Selçuklu Hakanı Tuğrul Bey ile onun yerine geçen Sultan Alpaslan’dan yardım istediler. 1064’de Van ve çevresindeki birçok kale ve şehir Melikşah tarafından fethedilmiştir. 26 Ağustos 1071 Malazgirt savaşından sonra bölge Selçuklular ve Sökmenler’e (Ahlatşahları) idaresine geçer. Bölge, 1207’de Eyyübiler, 1229 yılından sonra da Anadolu Selçukluların egemenliğine girmiştir.
Moğolların İslamiyet’i kabul ettikten sonra kurdukları İlhanlı Devleti zamanında Doğu Anadolu Bölgesi bu devlete bağlı olmak üzere birisi merkezi Diyarbakır olan Musul, diğer merkez Ahlat olan Van olmak üzere iki eyalete ayrılmıştır. Erciş, Aladağ, Bargiri (Muradiye), Hoşap, Malazgirt, Ahlat, Bitlis, Van, Adilcevaz, Vastan (Gevaş), Ahlat eyaletine bağlanmıştır. XVI. yüzyıl ortalarından sonra İlhanlıların zayıflamasıyla bölgede Erciş, merkez olmak üzere Karakoyunlu Türkmenlerin bağımsız bir devlet kuruldu. Van, Vastan ve Hakkâri Karakoyunlular’a bağlı olan Melik İzzeddin Şir, Timur’un Van’ı zaptetmesinden sonra, Timur’a bağlılığını sunmuş, tekrar Van ve çevresini idaresinin idaresini eline almıştır. Timur’un Anadolu’dan çekilmesinden sonra bölge tekrar Karakoyunlular’ın hâkimiyetine girmiştir. Bu dönemde, Hakkâri İzzeddin Şir Bey’in yönetimine bırakılmış, Hoşap’ta ise Mahmudi Beyliği kurulmuştur. Akkoyulu hükümdarı Uzun Hasan, 1467’de ani bir baskınla Karakoyunlu hükümdarı Cihan Şah’ı öldürerek bölgenin hâkimiyetini eline geçirmiştir. 1503’deki Akkoyunlu-Safevi savaşından sonra Van Gölü Havzası, Safevi idaresine girmiştir. Osmanlı ve Safevi devletleri arasında bulunan ve sık sık el değiştiren bölgede, Osmanlı hâkimiyeti Kanuni Sultan Süleyman döneminde sağlanmıştır. Bölge, Osmanlı ve İran arasında sınır teşkil ettiğinden sık sık el değiştirmiş, her iki devlet de bölgeyi ellerinde tutabilmek için yerel beylere çeşitli ödünler vermek zorunda kalmışlardır. Osmanlı hâkimiyeti sağlandıktan sonra yerel beyler Osmanlı Devleti’ne bağlı olarak bulundukları bölgelerin yönetimini üstlenmişlerdir.
1548’de II. İran Seferi ile Osmanlı idaresine giren Van Gölü Havzası, oluşturulan Van Eyaleti içinde yer almış, bölge Beylerbeyliğine Sarı İskender Paşa atanmıştır. 1548’den sonra bölge idari yapısında zaman zaman değişikler görülmesine rağmen, Van Gölü Havzası kesintisiz olarak Osmanlı idaresinde kalmıştır. I. Dünya Savaşında 20 Mayıs 1915’de Ruslar Van’ı işgal ettiler. 2 yıl 10 ay 13 gün süren bir işgalden sonra Türk ordusu 2 Nisan 1918’de Van’ı düşman işgalinden kurtardı. Aynı dönemde bölgede Ermeniler tarafından katliamlar yapılmış ve yerleşim yerleri tahrip edilmiştir. 1918’de, Rus ve Ermeni işgalinin sona ermesiyle bölge Türkiye Cumhuriyeti’ne bağlı olarak varlığını devam ettirmektedir.